Jak Nvidia pomaga zwalczyć wirusa H1N1
Jeśli myślicie, że karty graficzne i nowoczesne procesory powstały głownie z myślą o graczach komputerowych, jesteście w wielkim błędzie.
Walka z wirusem H1N1 jest problematyczna ze względu na jego częste i szybkie mutacje, które zmniejszają efektywność leków przeciwgrypowych, w tym Tamiflu (oseltamiwir) czy Relenza (zanamiwir). Naukowcy z Uniwersytetu w Bristolu w Wielkiej Brytanii oraz uniwersytetów Bansomdejchaopraya Rajabhat i Chulalongkorn w Bangkoku zastosowali symulacje komputerowe w celu zobrazowania zmian w dynamice struktury chemicznej i biologicznej wirusa H1N1 spowodowanych mutacjami, pomyślnie tworząc pierwszy obraz wirusowego mechanizmu odporności na istniejące leki przeciwgrypowe. Ten przełom umożliwi wypracowanie nowych sposobów szybkiej produkcji leków do walki z tymi mutacjami, a także prawdopodobnie zmniejszy niebezpieczeństwo przyszłych epidemii.
Zespół naukowców odkrył mechanizm odpornościowy wirusa H1N1. wykorzystując niewielki klaster wyposażony w wysokowydajne procesory graficzne Tesla oraz oprogramowanie do obliczeń dynamiki molekularnej AMBER, w czasie o połowę krótszym i przy użyciu jedynie jednej piątej serwerów niż miałoby to miejsce w przypadku klastera opartego wyłącznie na procesorach centralnych.
Po epidemii grypy H1N1. która w 2009 r. zaraziła prawie 89 milionów osób, z czego 18300 ze skutkiem śmiertelnym, naukowcy nieustannie szukają przyczyny mutacji wirusów prowadzących do zwiększenia ich odporności na leki. Badania bakterii i wirusów są trudne, ponieważ reakcje między nimi zachodzą zbyt szybko i są zbyt delikatne, co uniemożliwia ich uchwycenie. Ponadto naukowcy mieli do tej pory dość ograniczony dostęp do zaawansowanych symulacji komputerowych takich układów, ponieważ wymagały one drogich i wysokowydajnych superkomputerów.
Wraz z nadejściem ery graficznych procesorów obliczeniowych, wykorzystywanych w superkomputerach skrócił się czas oczekiwania na wyniki badań. To nie jedyna zaleta tego typu komputerów, główną z zalet jest wydajność osiągana na zużywany watt energii co znacząco przekłada się na zmniejszenie kosztów użytkowania tak wydajnych komputerów.
