Ze wszystkich 50. sklasyfikowanych maszyn ponad 90 procent pracuje pod kontrolą różnych odmian Linuksa. W ponad 60 przypadkach jest to SUSE Linux Enterprise, wyprzedzając czterokrotnie firmę Red Hat, której dystrybucja wykorzystywana jest przez 17 superkomputerów z listy Top 500.
Superkomputer Jaguar XT5 został zainstalowany w należącym do Departamentu Energii Narodowym Laboratorium Oak Ridge i jest używany do obliczeń i symulacji w takich dziedzinach jak chemia, astrofizyka, fizyka cząstek, inżynieria materiałowa i ochrona środowiska. Przy teoretycznej szczytowej wydajności 2,3 petaflopsa Jaguar zdeklasował konkurencję - zajmujący drugie miejsce IBM Roadrunner osiąga "zaledwie" 1,3 petaflopsa.
Węzły serwisowe Jaguara wykorzystują lekko zmodyfikowaną wersję SUSE Linux Enterprise Server 10, a obliczeniowe - dostosowaną przez firmę Cray odmianę SUSE Linux Enterprise zwaną CNL (Compute Node Linux). Swą popularność wśród twórców superkomputerów SUSE Linux Enterprise zawdzięcza istotnemu wkładowi programistów SUSE w dostrajanie wydajności jądra systemu, a także temu, że jako pierwszy Linux na rynku został przystosowany do obsługi systemów 64-bitowych, w tym komputerów klasy mainframe.
